吉森大学围绕一系列重点课题建立了直属的研究中心，通常科学家们会在其中进行学科交叉的合作研究。
哲学与科学基础研究中心（ZfP）， 由奥多·马库阿德（Odo Marquard）于1960年代创办
国际发展与环境研究中心（ZEU），成立于1998年
环境安全的生物学基础跨学科研究中心（IFZ），成立于2000年
媒体与互动研究中心（ZMI）， 成立于2000年
吉森文化研究中心（GGK），成立于2001年
吉森东欧研究中心（GiZo），成立于2006年
此外，吉森大学还拥有以下附属科研机构：
吉森大学农村合作社研究所
吉森大学野生动物学研究工作组
吉森大学生物心理学与行为医学研究所
吉森大学社会调查与应用研究所
吉森大学品牌与传播研究所
热带研究所
计算机数据处理中心
放射治疗研究中心
欧洲大陆农业与经济研究中心
地域发展研究中心
