大学的教学单位现分为20个学院，这些
学院中又分为总共178个研究所，以及为医学院实习用的诊所。慕尼黑大学成就较高的学院主要有国民经济学院、企业经济学院、医学院、法学院、社会学学院、物理学院和化学学院、林学院、兽医学院等。几乎涵盖了所有的学科领域。因此，慕尼黑大学实为传统定义下名副其实的综合性大学“universitas”。
01 天主教神学院
02 基督教神学院
03 法学院
04 企业经济学院
05 国民经济学院
07 医学院（包括牙医学）
08 兽医学院
09 历史及艺术学院
10 哲学，科学理论及宗教学院
11 心理学及教育学院
12 文化学院
13/14 语言学及文学院
15 社会学院
16 数学，信息学及统计学院
17 物理学院
18 化学及药学院
19 生物学院
20 地质学院
