农业学校时期
1850年的密歇根宪法要求政府成立一所“农业学校”。
但是一直到1855年2月12日密歇根州州长肯斯里（Kinsley S. Bingham）才签署成立美国的第一个农业学校－密歇根州立农业学校。
密歇根州立农业学校在1857年5月开始授业时共有三栋建筑物、五名教职人员和63名学生。密歇根州立农业大学的第一位校长约瑟夫·威廉（Joseph R. Williams）为学校设计了一个比当时其他的大学更要求科学研究的课程。内容集合科学、博雅教育、以及实际训练。因为大部分的学生的高中并没有教导古典文学的关系，这套课程并不包括拉丁语和希腊语。值得注意的是，这套课程为了降低学费而要求学生每天三小时的工作。虽然约瑟夫·威廉大力提倡他的创新教学系统，密歇根教育部认为他的课程太过偏向精英主义。因此在1859年约瑟夫·威廉被迫离职，而课程也被缩减成两年制的职训。
1861年，改组法案通过。同年密歇根州立农业学校改名为州立农业学校并毕业第一届的学生。1862年美国总统亚伯拉罕·林肯签署了第一条土地捐赠法，使得州立农业学校成为全国的典范；
州立农业学校从1870年开始接受女性入学，1899年接受第一名非裔美国人学生。1907年东兰辛市成立而两年之后州立农业学校正式将名称改为密歇根农业大学（Michigan Agricultural College），简写M.A.C.；
20世纪初期密歇根农业大学的课程扩充到农业以外的其他领域。到了1925年密歇根农业大学因为课程的多元性而改名为密歇根农业与实用科学学校（Michigan State College of Agriculture and AppliedScience），简称M.S.C.；
学校在1950年加入了Big Ten十大联盟。1955年，密歇根农业与实用科学学校在庆祝学校百年校庆时，将校名改为Michigan State University，即密歇根州立大学。从1964年起，“密歇根州立大学”成为学校的正式名称。
2018年6月19日，教育部办公厅批准东北农业大学与美国密西根州立大学合作举办草业科学专业本科教育项目终止办学。
捐赠土地法案
1860年约瑟夫·威廉成为了密歇根州州秘书长 并且协助通过了1890年改组法案。这
条法案将密歇根农业学校改制成四年制并赋予颁发硕士学位的能力。依据这条法案，一个全新成立的密歇根州农业委员会从原先的教育委员会接下了学校的掌控权。 同一年密歇根州立农业学校改名为州立农业学校并毕业第一届的学生。然而，当时因为美国爆发南北战争的缘故并没有举行毕业典礼，而第一届的毕业生全被征召入伍。第二年美国总统亚伯拉罕·林肯签署了第一条1862年土地捐赠法，使得州立农业学校成为全国的典范。约瑟夫·威廉已在前一年病逝、并没有活着看到他的理想成真。
男女合校
虽然当时学校里并没有设立女生专属宿舍，州立农业学校从1870年开始接受女性入学。第一批入学的少数女学生通常寄宿在教职员的家里或著是从兰辛市搭乘驿站马车通勤上学。尽管如此，这些女学生接受与其他男学生同样严格的农业科学课程。1896年时教职员建立了融合家政学与通识教育的女性专属课程。同一年学校将老旧的男生宿舍艾柏楼（Abbot Hall）改建成女生宿舍并正式成为男女合校。但是州立农业学校要一直到1899年才接受第一名非裔美国人学生、威廉·汤玛斯（William O. Thompson）。威廉·汤玛斯后来在布克·华盛顿的领导下成为现今的塔斯基大学（Tuskegee University）的一名讲师、并且受到校长强纳森·兴德{Jonathan L. Snyder）的邀请为1990年的毕业典礼演讲。几年之后马特·奎尔（Myrtle Craig）成为了学校的第一个女非裔美国人学生。马特·奎尔与1907年的毕业生一起从50年校庆的演讲者美国总统西奥多·罗斯福接受毕业证书。东兰辛市在同一年成立 而两年之后州立农业学校也正式将名称改为密歇根农业大学（Michigan Agricultural College），简写M.A.C.。
十大联盟
20世纪初期密歇根农业大学Michigan State University的课程扩充到农业以外的其他领域。1941年密歇根州农业委员会秘书长约翰·汉纳（John A. Hannah）成为学校的校长。约翰·汉纳借着为了协助二次大战退役军人重返学校而通过的1944年军人再造法案（Servicemen‘s Readjustment Actof 1944）展开了学校历史中最大规模的扩建。约翰·汉纳其中一个策略就是建设全新的学校宿舍来招收更多的学生、并用增加的收入建立更多的宿舍。密歇根农业与实用科学学校的入学人数在约翰·汉纳的计划下从1950年的15,,000人成长到1965年的38,000人。1946年约翰·汉纳同时利用芝加哥大学从十大联盟退出的机会建立起密歇根农业与实用科学学校的体育名声。在约翰·汉纳的强力游说下，学校在1950年加入十大联盟。五年之后的1955年，密歇根农业与实用科学学校在庆祝学校百年校庆时，将校名改为密歇根州立大学（Michigan State University）。 9年之后密歇根州立大学将行政组织从密歇根州农业委员会改名为密歇根州立大学董事委员会（the MSU Board of Trustees）。密歇根州允许密歇根州立大学将“农业与应用科学”从名称中删除。从1964年起，“密歇根州立大学”成为学校的正式名称。
未来展望
汉纳时代过去之后，密歇根州立大学将目标从增加学生人数转换为增加国内外名声，并坚持至今。最近几年因为学生与居民之间的摩擦，学校与附近城镇之间的关系日渐紧绷。兰辛市的紧张气氛在1997年和1998年爆发为骚动。在2005年4月2日发生了一次的学生游行，密歇根州立大学在男子篮球Final Four最终四强赛中遭到北卡罗莱那州大学淘汰。 这场警方表示只是“骚动”的事件引发一场警察是否滥用职权的争议。虽然密歇根州立大学的形象因此受损，校方依然期盼能改善学校在21世纪的学术名声。2005年9月现任校长罗·安纳·赛门表示密歇根州立大学将在2012年成为土地赠与大学（Land Grant institutions）的领导者。她的计划包括建立一个全新的寄宿学校和将国立卫生研究院的捐赠增加至一亿美金。
