作为顶尖的研究型大学，詹姆斯库克大学每年获得的研究基金超过两千万澳元。

该大学尤其重视热带生物领域的研究，其凯恩斯校区是世界顶尖的热带雨林研究中心，澳大利亚热带雨林协会也为该校区提供了大量的生物技术科研机会。

该大学在热带相关领域具有很高的国际声誉，比如海洋生物，环境研究和热带卫生，旅游与农学。

海洋科学是该大学规模最大的强项研究领域，该大学25%以上的预算都用于该领域的研究。其研究强项还有生物技术，地球科学和分子科学。

詹姆斯·库克大学的热带生物科学专业在全球属于领先地位。受到全球认可的学科有海洋生物、沿海与环境科学、热带雨林、世界旅游业组织鉴定学会（WTO）、海洋考古学、公共卫生学. 其海洋学科是全球顶尖大学之一。

它的本科及硕士学位课程有许多独到之处。同时，环境保护、酒店管理、项目管理、医院管理、金融财务管理、心理学、商务与环境科学等专业的本科及硕士课程也为该校的强项，均在澳洲大学专业学术排名前十。 另外，詹姆斯. 库克大学还可以针对市场的需求量身订制新的硕士专业课程。其MBA课程（商业管理硕士）在澳大利亚具有相当声誉，澳洲排名前五。